#taken from http://wws.weizmann.ac.il/mcb/UriAlon/index.php?q=supplementary-material-milo-et-al-science-2002 # #This file describes the data files for the yeast network. # #yeastInter_st.txt is a text file that includes all the interactions in the network. The convention used in the file is that the order of the columns is:  #regulating gene (TF), regulated gene, mode of regulation. #In the basic yeastInter.txt network the mode of regulation is always 1, #we did not differentiate between activators and repressors. See below for information on datasets that include the mode of regulation. #The conversion between node indexes and gene names can be found in the yeastData.mat file. # #yeastData.mat is a matlab file, and to open it you should use Matlab. The file is actually a workspace of several variables/datasets as follows: #im is the complete interaction matrix including auto-regulations and with signs for the regulation 1=activator 2=repressor 3=dual regulation. the names of the nodes are at namesWNull. #imnd refers to the interaction matrix with the auto regulations that are located on the diagonal of the matrix being omitted (nd - NoDiagonal) #after taking the diagonal off sometimes there is no other interaction at all for that node and it is therefore a null. imnn omits these null (nn - NoNull) #im1 is with all interactions being represented as 1 without reference to the type of regulation, and again with no nulls. The names are at the variable called names. #Usually we use the im1 for most applications. #It is possible by using the names to find the genes participating in any of the motifs using the motif detection tool - mfinder. 1 194 1 4 8 1 4 20 1 4 74 1 4 107 1 4 144 1 4 397 1 4 422 1 4 446 1 4 478 1 4 479 1 4 533 1 4 607 1 6 82 1 6 118 1 6 159 1 6 256 1 6 469 1 24 8 1 24 20 1 24 21 1 24 114 1 24 187 1 24 233 1 24 393 1 24 422 1 30 352 1 30 558 1 31 561 1 46 42 1 46 47 1 48 364 1 58 11 1 58 15 1 58 16 1 58 18 1 58 252 1 60 20 1 60 181 1 60 256 1 61 20 1 61 181 1 61 197 1 61 256 1 67 8 1 67 66 1 67 288 1 67 304 1 67 336 1 68 128 1 68 200 1 68 343 1 68 344 1 68 345 1 68 347 1 68 351 1 68 446 1 68 498 1 68 597 1 71 20 1 71 21 1 77 194 1 78 125 1 78 194 1 81 125 1 87 86 1 92 160 1 113 160 1 113 231 1 113 415 1 122 120 1 122 121 1 122 490 1 122 524 1 123 173 1 123 438 1 136 62 1 136 130 1 136 131 1 136 132 1 136 133 1 136 134 1 136 135 1 136 140 1 136 156 1 136 157 1 136 207 1 136 213 1 136 439 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